من الممكن إجراء الميزوثيرابي بطريقتين ، و هذا بالطبع يعتمد على الطبيب المعالج ومدى خبرته و مستوى تمكنه من أي من هاتين الطريقتين :
الأولى : تتم بالحقن يدوياً بواسطة إبر دقيقة جداً ، و عادة ما يتم إجراء حقن متعددة في المكان المحدد على عمق يصل الى الطبقة المتوسطة من الجلد .
و تتميز هذه الطريقة بإعطاء المعالج السيطرة الكاملة على توصيل المادة المحقونة ، كما إنها لا تستدعي تكلفة مالية عالية لشراء أجهزة الحقن المختلفة .
الثانية : تتم بمساعدة أجهزة الحقن الخاصة ، وهي أجهزة خاصة تشبه المسدس يتم تثبيت الإبرة الدقيقة عليها ، و من الممكن معايرة هذه الأجهزة لإعطاء الحقن في الجلد إما بصورة منفردة كطلقة واحدة أو بصورة طلقات متكررة و بسرعات عالية ، و تتميز هذه التقنية بفوائد ملموسة في جعل العلاج أقل إيلاماً للمريض ، و أكثر سهولة و سرعة للطبيب المعالج ، مع إضافة عنصري الدقة و الثبات في توصيل الحقن المتتالية .